研究人員開發(fā)了用于病毒發(fā)現(xiàn)的序列分析管道

赫爾辛基大學(xué)的研究人員開發(fā)了一種新型的生物信息學(xué)管道，稱為Lazypipe，用于識別宿主相關(guān)或環(huán)境樣品中的病毒。該管道是在病毒學(xué)家和生物信息學(xué)家之間密切合??作下開發(fā)的。研究人員認為，他們已經(jīng)成功解決了病毒宏基因組學(xué)通常遇到的許多挑戰(zhàn)。

 

此前，由Olli Vapalahti教授領(lǐng)導(dǎo)的病毒人畜共患病研究小組發(fā)表了兩個實例，這些實例是由Lazypipe從野生動物中鑒定出的新型和潛在的人畜共患性病毒制劑，可以用作載體。從肯尼亞的Mops condylurus蝙蝠的糞便和器官樣本中鑒定出一種新的埃博拉病毒，并從東北部的tick中鑒定出一種新的由tick傳播的病原體沿山病毒。

Teemu Smura博士說：“這些例子證明了Lazypipe數(shù)據(jù)分析對具有非常不同的DNA / RNA背景的NGS文庫的有效性，涉及從哺乳動物組織到合并和壓碎的節(jié)肢動物。

當(dāng)前的冠狀病毒大流行增加了以無偏見的方式快速檢測以前未知的病毒的需求。

Ravi Kant博士說：“在沒有參考基因組的情況下檢測到SARS-CoV-2，證明了Lazypipe在新型人畜共患病毒制劑出現(xiàn)的情況下的效用，并且可以通過NGS測序從臨床樣品中快速檢測出。”

4月初，研究小組使用Lazypipe測試了SARS-CoV-2陽性樣本的文庫。

Ilja Pljusnin博士說：“我們確認，該管道在默認設(shè)置下且沒有SARS-CoV-2參考基因組的10個庫中，有9個檢測到SARS-CoV-2 。”

Assoc補充說：“懶惰管可能在預(yù)測新興傳染病中起關(guān)鍵作用。” Tarja Sironen教授。

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來源：生物探索

 

qPCR法介紹：

熒光定量PCR法（qPCR）：是在常規(guī)PCR基礎(chǔ)上，將『針對支原體特異性保守序列的探針』做熒光標記，使PCR擴增后的產(chǎn)物帶有熒光，利用熒光信號的變化和配套軟件，進行DNA擴增反應(yīng)的實時監(jiān)測，簡稱qPCR。

優(yōu)點：①靈敏度高、特異性強。

②時間短，2-3小時出結(jié)果。

③檢測結(jié)果可定量。

④操作簡便。

缺點：①對于已做支原體滅活處理的樣品，由于支原體DNA仍舊存在其中，PCR結(jié)果會出現(xiàn)假陽性。（可用培養(yǎng)法做補充驗證）

②不同廠家生產(chǎn)的試劑盒質(zhì)量