RNA測(cè)序又有新發(fā)現(xiàn)，PCR Clean助力科研

CRISPR是一種常用的基因編輯技術(shù)，CRISPR/Cas 系統(tǒng)被開發(fā)成一種高效的基因編輯工具。在自然界中，CRISPR/Cas系統(tǒng)擁有多種類別，其中 CRISPR/Cas9 系統(tǒng)是研究最深入，應(yīng)用相對(duì)成熟的一種類別。CRISPR系統(tǒng)在實(shí)驗(yàn)過程中，需要對(duì)實(shí)驗(yàn)環(huán)境進(jìn)行核酸污染控制。德國MB公司生產(chǎn)的PCR-Clean，高效清除實(shí)驗(yàn)環(huán)境或?qū)嶒?yàn)儀器上的DNA、RNA，和各種核酸酶污染，高效清除核酸相關(guān)污染，為分子實(shí)驗(yàn)保駕護(hù)航。

轉(zhuǎn)錄終止子，是決定信號(hào)RNA聚合酶（RNAPs）在何處停止，并與DNA解離關(guān)鍵點(diǎn)。然而，由于終止是隨機(jī)的，可能會(huì)產(chǎn)生兩種不同形式的轉(zhuǎn)錄本：一種在終止子處終止，另一種繼續(xù)讀取。能夠控制這些轉(zhuǎn)錄本異構(gòu)體的豐度將為生物工程師提供在轉(zhuǎn)錄水平上調(diào)控多基因構(gòu)建的機(jī)制。

近日，科研人員通過重新利用終止子作為“轉(zhuǎn)錄閥"，調(diào)節(jié)RNAP讀取的比例，探索了這一可能性。

相關(guān)研究發(fā)表在《nature communications》上，文章標(biāo)題為：“Massively parallel characterization of engineered transcript isoforms using direct RNA sequencing"

通過使用混合DNA組裝，科研人員迭代構(gòu)建了1780個(gè)T7 RNAP的轉(zhuǎn)錄閥，并展示了如何使用基于納米孔的直接RNA測(cè)序（dRNA-seq）來在體外同時(shí)以核苷酸分辨率表征整個(gè)閥門庫，并揭示調(diào)控和隔離終止的遺傳設(shè)計(jì)原則。

最后，科研人員為CRISPR引導(dǎo)RNA的多路調(diào)控工程設(shè)計(jì)了閥門。這項(xiàng)工作為控制轉(zhuǎn)錄提供了新的途徑，展示了長(zhǎng)讀取測(cè)序在探索復(fù)雜的序列-功能景觀方面的好處。